清洁级大鼠需控制的病原菌指标为沙门菌、单核细胞增生性李斯特杆菌、假结核耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌、皮肤病原真菌、念珠状链杆菌、支原体、鼠棒状杆菌、泰泽病原体、支气管鲍特杆菌、嗜肺巴氏杆菌、肺炎克雷伯杆菌、金黄色葡萄球菌、乙型溶血性链球菌和绿脓杆菌。