蛋白质双向电泳技术依赖于蛋白质的两个重要特性――等电点和相对分子质量。双向电泳后的凝胶经染色蛋白呈现二维分布图，水平方向反映出蛋白在（）上的差异，而垂直方向反映出它们在（）上的差别。所以双向电泳可以将分子量相同而等电点不同的蛋白质以及等电点相同而分子量不同的蛋白质分开。