真核细胞编码蛋白质的基因以单个基因为转录单位，转录成单顺反子mRNA，并且大多数基因是断裂基因。加工时须切除内含子，连接外显子，还需要在各种酶的催化下添加5'端帽子，3'端多聚腺苷酸，对特定部位的核苷进行甲基化修饰。