在重组过程中，两条双链上DNA的相互交换形成了一个重组结合区，在这个结合区，一个双链上的一条链与另一双链的互补链配对。这种异源双链DNA的形成需要在每条双链上的其中一条链上存在缺口，以及这两条链是互补的。小片段重组(异源双链片段)或者拼接重组DNAs的形成依赖于在每条双链的相同链或互补链上第二个缺刻的存在。