某省国家税务局拟在2008年8～10月对超市增值税缴纳情况进行专项稽查，根据计划布署，要求各个相关企业于2008年7月底前自行或者委托税务师事务所进行检查，并将检查及补缴税款情况以书面报告形式报所在县(或市)税务稽查局。
2008年4月17日某县综合超市的相关人员找到诚信税务师事务所的执业注册税务师王某，要求对综合超市的增值税缴纳情况进行代理检查，出具增值税纳税情况鉴证报告，并代为撰写向县税务稽查局的自查报告，同时表示此项业务的报酬可以不通过税务师事务所而直接付给王某个人。
按照注册税务师执业的有关要求签订协议后，王某及其辅助人员于2008年4月22日对综合超市增值税纳税情况进行审核，发现该超市存在虚开农产品收购凭证问题，且数额巨大，超市负责人要求王某在鉴证报告和自查报告中对上述事项不予反映。
[问题] 对综合超市虚开农产品收购凭证问题，王某在执业时应如何处理