痢疾志贺菌感染病灶局限于肠道,细菌很少扩散至粘膜外,或进入血液,不引起败血症。因此,细菌性痢疾应挑取粪便的脓血粘液部分作微生物学检查。而其他疾病的病原菌可入血引起菌血症或败血症,能在发病早期从患者血中分离到细菌。
粪便标本中常见的病原菌有志贺菌属、致病性大肠杆菌、弧菌属、沙门菌、金黄色葡萄球菌、艰难梭菌等。粪便标本中因各种正常菌群含量甚多,仅以染色性和形态无法分辩是否为病原菌,因此,粪便标本一般不作直接涂片检查,只有检查霍乱弧菌、结核杆菌、疑似葡萄球菌或艰难梭菌引起的伪膜性肠炎时,才作直接涂片检查。