加水量适当与否对制曲有很大影响。原料中含有适当的水分是加速米曲霉发芽的主要条件之一。如果水分适当，孢子即吸足水分其体积膨胀可增加2～6倍。水分过少，孢子吸水不足，造成体积过小。适当的水分有利于米曲霉的生长繁殖，产生大量的酶，促进制曲和发酵阶段的分解作用。但用水量过大，易于感染杂菌，制曲较难控制，所以水分也不宜过大。为了制好曲，易于酱醪发酵，达到提高产品质量的目的，以黄豆为主料，一般吸水量控制在75％～80％为宜。

发酵有自然接种和人工接种两种方法。自然接种是将蒸煮好的大豆用稻草包好，放于木盘中。稻草的作用是提供枯草芽孢杆菌，并吸收发酵放出的氨味，给纳豆提供风味。过度发酵会产生氨，这不仅会影响纳豆的风味，而且会破坏纳豆杆菌，促进其他微生物的生长。

豆腐生产要求使用标准模具，对产品有一定的规格标准要求，有的品种在出售时不是称重计价，而是以体积计价，要求每块的大小是一致的。做这样的豆腐出现厚薄不均匀就给销售带来一定困难。主要原因是上榨不匀和偏榨。上榨不匀是指在几个豆腐之间互相对比厚薄不一样。偏榨是指同一个豆腐体存在各部位的厚薄不一样。前者主要是生产过程对豆浆浓度掌握不准或在凝固时点脑的老嫩不一致，如生产过程豆浆浓度忽干忽稀，点脑时就会出现忽老忽嫩，就很难做到产品的厚薄均匀一致。偏榨的原因主要是底板放的不平，或由于操作者疏忽造成的。

洗曲操作对豆豉的口感和风味有很大的影响，清水洗曲时，必须用清水把表面的霉以及污物清洗干净，以避免后期会有苦涩味产生，但洗曲时应尽可能降低成曲的脱皮率。

豆乳发酵菌种可以从自然发酵豆乳中分离筛选，也可以从生产酸牛奶的菌种中选用。发酵剂是生产酸豆乳所用的特定微生物培养物。发酵剂的菌种随生产的酸豆乳的种类不同而有所不同，不同菌种所生产的饮料的品质、营养价值、风味等有较大差异。常用的发酵菌种主要有嗜热链球菌、乳酸链球菌、干酪杆菌、保加利亚杆菌、乳酪链球菌、蚀橙明串珠菌、戊糖串珠菌等。实际生产中发酵剂的菌种可单独使用，也可混合使用以增加产品的良好风味。

传统方法是用平的竹制容器摊平沥干，也可用金属丝或编织篮。过量的水分有利于微生物的生长，但会减少天培的货架寿命，可用布擦或用面粉包去除表面水分。

酱油生产中需要大量的水，对水的要求不及酿酒工业严格，一般井水，自来水，清洁的江、河、湖水都可以用来制大豆酱油。水质要无色透明，无臭无味，符合饮用水的卫生标准，不得使用农药和化学药品污染的水，不应因水质有异杂味而损害酱油的香气和滋味。但必须注意水中不可含有过多的铁，否则将会影响酱油的香气和风味，而硬度大的水不仅对酱油发酵不利，而且还会引起蛋白质沉淀。

经过脱胶、脱酸和脱色的大豆油，仍含有不同的气味成分，如不饱和的碳氢化合物、低分子脂肪酸、醛和酮等，从而使得产品具有不良的气味。另外，在制油工艺过程中也会产生一些新的气味，如中和油带来的皂角味、脱色油带来的土腥味等。这些气味成分不仅影响油的食用性，而且有些气味的成分对人体有害，因此应该采用蒸馏的方法除去这些异味物质。

大豆蛋白质的发泡性受蛋白质溶胶浓度的影响最大。蛋白质溶胶浓度低，粘度小，容易搅打，易起泡，但泡沫稳定性差；蛋白浓度高，溶液粘度大，不易起泡，但泡沫稳定性好。实践中发现，单以发泡力方面看，浓度为9％时，效果最好，而将起泡性与泡沫稳定性结合起来考虑，浓度为22％时最有实用价值。大豆蛋白的胃蛋白酶水解产物具有优良的起泡性能，但泡沫稳定性略差，水解过度，起泡性反而降低。
大豆蛋白质的酰化，也有助于提高发泡性和泡沫稳定性。脂肪具有消泡功能，因此含脂肪量较高的大豆蛋白的发泡性较差。糖的存在可以增加溶液的粘度，有利于增加泡沫的稳定性。不同的方法水解的蛋白质，最佳发泡pH值不同，通常利用蛋白质溶液的pH值，大多也都有利于发泡，但以偏碱性最佳。
温度对大豆蛋白起泡性也有影响，温度影响发泡性主要是通过影响蛋白质在溶液中的分布状态来体现的。温度过高蛋白质变性，不利于发泡；温度过低溶液粘度小，且吸附速度慢，也不利于泡沫的形成与稳定。一般大豆蛋白质的最佳发泡温度为30℃左右。

点浆温度对豆腐的持水性和强度有一定的影响，相同的凝胶剂，点浆温度不同，制出豆腐的持水性和硬度也不同。正常的点浆温度，一般控制在70℃～85℃之间。较高的温度有利于钙桥或镁桥的形成，85℃以上的温度点浆时，豆腐的硬度强而持水性较差；低于60℃，即使勉强制成豆腐，质地极差，易碎散。