A项错误:病毒无细胞结构,不存在质粒;B项错误:细菌为原核生物,遗传物质主要存在拟核区域;C项正确:质粒为小型环状DNA分子,存在于拟核(或细胞核)外的细胞质基质中;D项错误:质粒是基因工程中常用的运载体,基因工程中的工具酶是限制性核酸内切酶和DNA连接酶