在居民身份认定管理模块中，可按认定种类分为认定中国居民身份认定（适用于执行避免双重征税协定）、中国居民身份认定（适用于外国个人和企业）、外国居民享受避免双重征税协定待遇身份认定、外国公司船舶运输收入免征企业所得税认定等四种。

在CTAIS中按：登记认定—查询统计—认定信息查询—增值税一般纳税人认定查询的顺序进入功能模块。
（1）该模块可按“暂认定增值税一般纳税人”、“正式增值税一般纳税人”和“辅导期增值税一般纳税人”3种“一般纳税人类型”，“A级”“B级”“C级”3种“认定级别”和“盐业批发企业”、“进出口经营企业”、“国有粮食购销企业”、“成品油批发零售企业”、“政府储备食用植物油企业”、“商贸企业”等6个“认定类型”分别进行查询。
（2）可通过“LIKE%%”语句及自定义按条件来进行综合查询。并显示纳税人识别号、纳税人名称、认定起止时间、主管税务管员等等共18个字段。

在CTAIS中按：待批文书—查询统计—核定类文书查询—定税清册查询的顺序进入该功能模块查询。

在发票发售主界面，打开退票操作页面，点击查询刷新后选中发售有误的发票进行退票操作。

（1）在CTAIS中按：申报征收—征收—发票、登记证收费，进行发票预收款的金额收取，开据完税凭证。（2）在发票预收款收取和退还管理模块中选择收取，输入纳税人识别号，输入对应税票号码（机制税票号码，非印刷票号），系统将本次缴纳金额根据税票自动带出，同时发票预收款总额也自动带出，两项均不允许修改。
（3）选择保存，保存预收款修改信息。

在CTAIS中按：登记认定—查询统计—增值税纳税人信息查询—暂认定一般纳税人到期的顺序进入功能模块，完成对暂认定为一般纳税人到期信息的查询。

选用单独纳税标志时，该纳税人的税款将形成应征；不选用单独纳税标志时，该纳税人只申报，税款不形成应征（主要适用于汇总缴纳企业）。

文书审批需依次经过以下环节：文书受理登记、文书申请信息录入、待批文书传递、待批文书审批流转、文书审批后销号生效、文书审批结果的发放销号。

在CTAIS中按：发票管理—内部管理—发票盘存管理的顺序进入本功能模块，选择税务机关和发票库房，系统会自动生成账面数，录入盘存数、负责人、复核人、盘库人等信息后，点击保存按钮，即可生成发票盘存报告表。

发票使用管理完成税务机关和纳税人之间日常发票使用工作的管理。包括进货退出及索取折让管理和发票代开管理两个模块。