承包商应该按以下步骤处理：
第一步，根据《建设工程施工合同（示范文本）》的规定，在工程中遇到地基条件与原设计所依据的地质资料不符时，承包方应及时通知甲方，要求对原设计进行变更。
第二步，在建设工程施工合同文件规定的时限内，向甲方提出设计变更价款和工期顺延的要求。
甲方如确认，则调整合同；如不同意，应由甲方在合同规定的时限内，通知乙方就变更价格进行协商，协商一致后，修改合同。若协商不一致，按工程承包合同纠纷处理方式解决。
考查施工过程的合同管理。要根据《建设工程施工合同（示范文本）》的规定来解答本案例的问题。
对三个投标方案的优劣排序。
C方案年费用：
由以上计算结果可知：C方案的年费用最低，为最优方案，其次是B方案，A方案的费用最高，在三个方案中是最差的。
监理工程师接到索赔申请通知后应进行以下主要工作：
（1）进行调查、取证；
（2）审查索赔成立条件，确定索赔是否成立；
（3）分清责任，认可合理索赔；
（4）与施工单位协商，统一意见；
（5）签发索赔报告，处理意见报业主核准。
考查不可抗力。不可抗力是指合同当事人不能预见、不能避免并且不能克服的客观情况。本题中的遭受暴风雨的袭击就是一种不可抗力，对施工单位提出的要求的处理要根据不可抗力发生后风险承担的原则来判定。
对索赔提出要求后判定如下：
事件一可提出索赔要求，因为降水工程由甲方另行发包，是甲方的责任；
事件二可提出索赔要求，因为停水、停电造成的人员窝工是甲方的责任；
事件三可提出索赔要求，因为设计变更是甲方的责任，且工作E的工程量增加了50m3，超过了招标文件中工程量的10％；
事件四不应提出索赔要求，因为保证施工质量的技术措施费应由乙方承担；
事件五可提出索赔要求，因为甲方指令增加工作，是甲方的责任。
考查索赔管理。工程师判定承包人索赔成立的条件为：（1）与合同相对照，事件已造成了承包人施工成本的额外支出，或总工期延误；（2）造成费用增加或工期延误的原因，按合同约定不属于承包人应承担的责任，包括行为责任或风险责任；（3）承包人按合同规定的程序提交了索赔意向通知和索赔报告。上述3个条件没有先后主次之分，应当同时具备。只有工程师认定索赔成立后，才可批准应给予承包人的补偿额。
对原告要求被告继续合同的诉讼请求应予以支持，对赔偿损失请求不予支持。
因为××医院是针对被告不履行设备安装调试起诉的，该合同真实有效，按照合同实际履行原则，合同应该继续履行。我国《合同法》规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失的责任。”被告的违约行为主要是放弃完成设备安装调试义务，而不是其提供的主机和附件的质量低劣，所以应就有关设备机件不配套问题各方进行磋商，制订解决方案并完成设备安装调试工作。××医院的实际损失主要是订购的医疗设备未能按计划使用，其损失是由于两个采购合同内容相对缺陷造成，而对此医院有过错，因此应自行承担相应的责任。
开标过程的情况处理判定：
（1）第（1）条的处理是正确的，投标书必须密封和加盖企业法人印章；
（2）第（2）条的处理是正确的，企业法定代表人的委托书必须是原件；
（3）第（3）条的处理是不正确的，投标报价与标底价格有较大差异不能作为判定是否为无效投标的依据。
竣工验收视施工合同约定的工作范围分为分项工程竣工验收和整体工程竣工验收两类。
根据《建筑法》和《建设工程质量管理条例》规定，承包单位将承包的工程转包或者违法分包的，责令改正，没收违法所得，对勘察、设计单位处合同约定的勘察费、设计费25％以上50％以下的罚款；对施工单位处工程合同价款0.5％以上1％以下的罚款；可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
工程监理单位转让工程监理业务的，责令改正，没收违法所得，处合同约定的监理酬金25％以上50％以下的罚款；可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
招标程序的内容及顺序按对应于原编码（字母）改错：
A.招标单位向政府的建设行政主管部门的招投标管理机构（或招投标办公室）提出招标申请；
B.编制工程标底，报招投标管理机构审定；
D.对承包商进行资格预审，对确认合格者发出投标邀请函；
E.发布招标公告／广告；
F.在开标前会议，对任一承包商提出的问题的答复应发给所有参与投标的承包商；
H.审查标书及评标，在此过程中只能对投标文件的内容进行澄清，而不能对报价和工期作实质性的改动；
I.招标人／业主根据评标委员会提出的评标报告和推荐中标候选人确定中标人，或授权评标委员会直接确定中标人；
K.发出中标通知书，中标承包商的投标保证金只有与业主签订合同以后才能退还。此外应补充以下程序：
L.组织现场踏勘；
M.通知未中标的承包商，并退还其投标保证金；
N.发售招标文件；
O.接受投标书。
招标程序的正确顺序应当是：A-C-B-E-D-N-L-F-O-G-H-I-K-J-M。
承担违约责任的方式有：继续履行；采取补救措施；赔偿损失；支付违约金；定金罚则。